Das frühere Exekutivorgan, der zwölfköpfige Ministerrat, sowie die Nationalversammlung mit 72 Abgeordneten wurden 1983 aufgelöst. Im Juni 1985 setzte Südafrika eine neue Regierung ein, die aus einem Kabinett mit acht Mitgliedern, einer verfassunggebenden Versammlung mit 16 Mitgliedern und einer 62-köpfigen Nationalversammlung bestand. Ein Verwaltungsgeneral, der von Südafrika ernannt wurde, hatte bei Gesetzesentscheiden der Nationalversammlung ein Vetorecht. Die südafrikanische Regierung bestimmte die Angelegenheiten der Verteidigung und die Außenpolitik. Nach der 1990 in Kraft getretenen Verfassung für ein unabhängiges Namibia ist der Staat eine Republik mit einem Präsidenten als Staatsoberhaupt, dessen Amtszeit auf zwei Fünfjahresperioden beschränkt wurde. Dieser Passus wurde 2000 mit der Mehrheit der Abgeordneten geändert. Die Verfassung garantiert außerdem ein Mehrparteiensystem und ein Zweikammerparlament.
Während der Zeit der südafrikanischen Herrschaft galten die Sicherheits- und Apartheidgesetze Südafrikas auch für Namibia. Entsprechend waren nationale Parteien der schwarzen Bevölkerung von der Beteiligung an der Regierung ausgeschlossen. Dieses Verbot wurde im Zuge des Unabhängigkeitsprozesses aufgehoben. Die nationale Befreiungsbewegung der Schwarzen, die South-West African People’s Organization (SWAPO), gewann bei den Wahlen zu einer verfassunggebenden Versammlung im November 1989 eine Mehrheit der Stimmen